Kláštery mají nyní dvojí charakter. Jednak to jsou venkovské, víceméně kolonizační kláštery, v podstatě členěné jako v románské době, dobře opevňované a v čase nebezpečí chráněné dosazovanou posádkou, jednak kláštery různých řádů v městech. Žebrebravé řády stavějí v linii hradeb kláštery, které se od prvé skupiny odlišují hlavně tím, že nemají hospodářskou část. V obou skupinách nesmějí některé řehole v duchu předepsané chudoby i vnější prostoty stavět u svých kostelů věže (s výjimkou malé sanktusové věžičky), což se někdy (dva případy - kostely františkánů a klarisek - v Bratislavě) obchází tím, že věž sre nezaloží od země, ale posazuje se na nároží nad hlavní římsu. Zvláštní útvar představuje kartouza - kartuziánský klášter, kde každý mnich obývá vlastní domek s kuchyní a se zahrádkou, postavený na obvodu středního volného prostranství. Nejvýstavnější částí klášterů, kromě kostela a případně opatské kaple, se stává kapitulní síň (místo společných motliteb, slavností i rokování řeholníků), zhusta dvoulodní, vybavovaná od 13. století kamenným pulpitem pro předčítání (Osek), a křížová chodba, jejíž stěny pokrývají malby a do oblouků arkád jsou vloženy kružby. Samostatně bývá řešeno i polygonální studniční stavení.

Kostely za několik set let svého trvání v podstatě neměnily využití - obdobně jako chrámové stavby románské - a při své početnosti a výstavnosti (pokud neprodělaly závažnější přestavbu) dokumentují proto nejlépe vývoj slohu.

Ve 13. století jsou hluboké, temné (mluvíme tu o mystickém prostoru) a kromě jednolodí většinou bazilikální, ač nechybějí ani síňová trojlodí (Kolín, Jihlava), s dvojicí věží v západním průčelí (nejde-li o klášterní kostel řehole, která nemá věže povolené) a někdy s příčnou lodí. Hloubkovou orientaci ještě zdůrazňují mohutné mezilodní arkády a dlouhé presbyterium. Drobné venkovské kostelíky druhé poloviny 13. století se naproti tomu vyznačují zhruba čtvercovým presbyteriem o jednom poli křížové žebrové klenby, nad nímž se někdy ještě zvedá stejně široká a poměrně nízká věž.

Ve 14. století se smyslem české gotiky stává úsilí o světlý jednotný kazatelský prostor, vnímatelný jediným pohledem jako celek z kteréhokoli místa kostela. öpouští se bazilika a převládá síňový - stejnolodní prostor, který se jednak zkracuje, jednak sceluje vynecháváním mezilodních arkád. Klenbu nesou nakonec štíhlé válcové sloupy bez hlavic a vrcholem této tendence jsou dvoulodní prostory o dvou nebo o jediném oblém štíhlém středním sloupku. Vkládání podpor do podélné osy chrámového prostoru svědčí také o poklesu významu hlavního oltáře, jehož dosud ústřední postavení přejímá kazatelna. Kratší a širší bývají i presbyteria a v poslední třetině 14. století vytvářejí typ s plochým závěrem a s dvěma okny ve východní stěně. Síňová trojlodí se od 14. století zastřešájí jedinou stanovou střechou, vrcholící věžičkou, a také postavení věže, teď zpravidla pouze jedné, má celek zmalebňovat. Někdy, obvykle dodatečně, v pozdní gotice, se i ke kostelům s věží připojuje volně stojící věžovitá zvonice.

Kostely, které nepatří okruhu české gotiky, zejména některé klášterní, jsou i nadále vysoké a v mnohobokém závěru presbyteria sbíhají k zemi bohatě profilované přípory. Pro husté množství vertikál, přípor i prutů v štíhlých oknech se mluví o linearismu a lineárním stylu.

Šlechta nebo měšťané si v chrámech zřizují někdy soukromé kaple a oratože a místo posledního odpočinku si připravují v rodinných kaplích, nejednou ve tvaru přilehlých staveb. Jiné kostely a kaple jsou budovány vůbec jako pohřební. Hřbitovy, některé již v této době položené mimo obvod města v hradbách, se doplňují patrovými karnery. V jejich polozapuštěné, nebo do svahu vložené dolní části je kostnice, horní část tvoří kaple.

Zvláštní místo mezi typy chrámů zaujímá tzv. katedrální založení či katedrální dispozice. Katedrála je každý biskupský kostel. Tyto biskupské kostely - katedrály - vytvořili ve Francii zvláštní dispozici, kde kolem vysokého chóru, odpovídajícího šířkou hlavní lodi a doplněného mezi arkádami a okny tzv. triforiem, obíhá ochoz o šířce bočních lodí, doprovázený věncem kaplí. Celek zevně obklopuje opěrný systém, skládající se z opěrných pilířů a opěrných oblouků. U nás je skutečnou katedrálou jen dóm sv. Víta v Praze, dílo stavitelů Matyáše z Arrasu a Petra Parléře.